Il est maintenant bien établi qu’un ensemble constitué par Madagascar et la péninsule indienne s’est détaché de l’Afrique il y a 165 millions d’années, au niveau de l’actuelle côte Somalie-Kénya-Tanzanie. Depuis cette date, Madagascar est séparée de l’Afrique par le Canal de Mozambique. La partition entre Madagascar et l’Inde a été plus tardive et est estimée vers - 88 millions d’années.
Bien que sa superficie ne soit que de 587 000 km
2, sa longueur de 1 500 km et sa plus grande largeur de 370 km, l’île de Madagascar est considérée comme une île-continent aux aspects très variés, en contraste tranchant avec les autres îles du voisinage : Les Comores, La Réunion, Maurice, de superficies beaucoup plus réduites et qui sont d’origine volcanique récente. Située entre 12° et 25°30’ de latitude sud, Madagascar est traversée au sud par le Tropique du Capricorne. L’évolution de la flore et de la végétation de Madagascar reflète l’histoire géologique et tectonique de l’île et sa présente position dans l’Océan Indien.
Madagascar possède une remarquable variété de types de milieux naturels, depuis les forêts tropicales perhumides dans le nord-est, où la moyenne des précipitations annuelles dépasse 3 500 mm avec 12 mois pluvieux, aux fourrés épineux des zones sub-arides à l’extrême sud-ouest qui reçoivent moins de 350 mm de pluie par an avec parfois 12 mois secs. Les phénomènes de spéciation ont pu se manifester avec une très grande ampleur. Ces processus sont favorisés par la diversité des milieux écologiques.
Du fait d’un relief accentué, les gradients de variation écologique sont le plus souvent particulièrement brusques et les transitions très brutales entre les types de végétation. Le point culminant est à 2 876 m (Tsaratanana) et les dénivellations sont importantes, ce qui se traduit par de forts gradients écologiques. L’altitude des régions centrales est toujours élevée, généralement supérieure à 1 000 mètres. Elles s’opposent aux régions côtières, basses et moins tourmentées.
Le profil transversal de l’île est marqué par une forte dissymétrie entre les deux versants: à l’Est, l’altitude s’élève rapidement et on atteint les régions centrales par une falaise escarpée. De ce fait les plaines côtières orientales sont très étroites. Vers l’Ouest, par contre, le relief s’abaisse de façon beaucoup plus progressive vers des régions basses plus étendues.