L’histoire de la peste débute à Madagascar en novembre 1898 au cours de la troisième pandémie, dans la ville portuaire de Tamatave, actuelle Toamasina. Puis l’affection touche d’autres ports : Diégo-Suarez [Antsiranana] en 1899, Mahajanga en 1902 et 1907.
Brusquement, en juin 1921, la peste fit une entrée tapageuse dans la capitale, Antananarivo : en 3 semaines, 48 personnes, toutes appartenant à deux familles réunies à l’occasion d’un mariage, succombèrent, victimes d’une épidémie de pneumonie pesteuse. La maladie avait progressé le long de la voie ferrée inaugurée en 1913, depuis le port de Tamatave, comme en atteste un foyer d’épizootie murine découvert à Périnet près de Moramanga.
A partir de la capitale, la maladie s’est ensuite propagée très rapidement sur les hautes terres. La peste sema l’épouvante dans la population, en raison tout d’abord de son issue presque toujours rapidement fatale, ensuite par les mesures de lutte appliquées par les autorités sanitaires : isolement des malades et des personnes contacts dans des lazarets, destruction par le feu des maisons contaminées, désinfection des marchandises et établissement de cordons sanitaires. C’est dans ce contexte qu’arrive Georges Girard, venu prendre la direction de l’Institut Pasteur de Tananarive. Il maintint les
mesures édictées auparavant en y ajoutant le dépistage post-mortem obligatoire pour tous les décès suspects à partir de prélèvements biopsiques de foie, rate et poumons.
Dès 1899, différents vaccins (lymphe d’Haffkine, vaccin aqueux, lipo-vaccin, vaccin PST) vont être utilisés pour prévenir sans grands succès la peste. Girard montre l’inefficacité des vaccins à germes tués sur le cobaye et met au point avec Robic un vaccin à germe vivant atténué en 1931. La souche vaccinale EV – des deux premières lettres du nom de l’enfant chez lequel cette souche avait été isolée en 1926 – avait perdu spontanément sa virulence après de multiples repiquages sur gélose tout en conservant un pouvoir immunisant.
Après plusieurs essais chez des volontaires humains de 1932 à 1934, dont Robic lui-même, une fois démontrées l’efficacité et l’innocuité du vaccin, la première grande campagne de
vaccinations dans les populations débute fin 1934. Rapidement l’incidence de la peste diminue, passant d’un peu plus de 3500 cas diagnostiqués par an, dont 90% mourraient en l’absence de traitement efficace, à environ 200 cas au début des années 40. La vaccination est rendue obligatoire en 1940. Malgré cette obligation on note une diminution du taux de participation de la population réticente à se faire vacciner du fait de réactions adverses locales. Ces éléments furent mis à profit par les nationalistes pour véhiculer l’idée d’une « peste politique et raciste ». Ce vaccin qui protégeait 90% des sujets vaccinés pendant 9 mois contre la peste bubonique a tout de même été utilisé jusqu’en 1959.
Les premiers sulfamides commencent à être utilisés à Madagascar dès 1938 dans le traitement de la peste et les taux de guérison sont de l’ordre de 80% à partir de 1947. La véritable révolution thérapeutique va se produire avec la découverte de la streptomycine qui est utilisée pour la première fois avec succès pour traiter la peste pulmonaire par Estrade en 1948. A partir de 1947, les insecticides furent employés dans les foyers de peste, avec épandages de poudre à base de DDT dans les habitations, les poulaillers et sur les aires de battage du riz.
L’usage massif des insecticides et les travaux d’assainissement de la ville basse font disparaître la peste de la capitale en 1950.
Trois mesures surtout, allant à l’encontre du culte des ancêtres, ont traumatisé la population : l’interdiction
des veillées funèbres, l’interdiction d’inhumation dans le tombeau familial et des cérémonies de “retournement des morts”. De ce fait, les malades et les morts furent cachés, de nombreux subterfuges utilisés par la population pour échapper au contrôle
des services d’hygiène.