L’Institut Pasteur de Madagascar propose de multiples possibilités aux étudiants et aux professionnels de se former. En moyenne, L’Institut Pasteur de Madagascar forme 200 personnes par an à travers des:

1. Stages de masters, DEA, thèses de sciences (PhD), de médecine, de pharmacie et de médecine vétérinaire de l’Université d’Antananarivo, d’Universités françaises (Paris, Versailles, Bordeaux, Strasbourg, Grenoble, La Réunion) et d’Instituts internationaux (IFMT-AUF au Laos, Pasteur-CNAM à Paris…)
2. Formations pratiques (CBC) des internes en biologie clinique de l’Université d’Antananarivo et d’Universités françaises (Paris, Nantes)
3. Formations supérieures spécifiques : Atelier international paludisme, Cours sur la surveillance épidémiologique et l’investigation d’épidémies (médecins de districts, médecins de santé publique), Cours intensif d’immunologie, Cours de bioinformatique, Cours « Peste », Formation des équipes régionales de riposte rapide (ERRR), Cours d’initiation aux systèmes d’information géographique et à la télédétection
4. Formations pratiques de techniciens en biologie (formation interne, stages pour Instituts de formation publics et privés ou pour le personnel du Ministère de la santé).

L’IPM dispose de cadres titulaires de l’Habilitation à diriger les recherches (HDR).

L’Institut attribue des bourses « Girard » pour les étudiants méritants effectuant leur thèse ou un master/DEA à l’IPM. Il supporte également, avec le soutien du Réseau international des instituts Pasteur (RIIP) et de l’Ambassade de France à Madagascar, des thèses en cotutelle (Madagascar-Étranger).