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Séquençage portable d’ADN en temps réel avec le MinION à l’Institut Pasteur de Madagascar

L’Institut Pasteur de Madagascar collabore avec l’Université d’Oxford et l’Université  Stony Brook  pour l’étude de la résistance aux antituberculeux et de l’épidémiologie M. tuberculosis par une approche génomique à Madagascar. Une équipe composée de ces partenaires et d’Oxford Nanopore Technologies s’est rendue à Madagascar pour former des scientifiques de l’IPM sur le séquenceur portable MinION.

Conférence donnée par le Dr Divya Mirrington d’Oxford Nanopore technologies sur les outils de séquençages développés avec le MinION

La formation sera étendue aux formations sanitaires du Programme National de Lutte contre la Tuberculose de Madagascar. L’objectif est de développer les capacités des utilisateurs et de tester la performance du séquenceur portable MinION sur le terrain. Une étude financée par le Wellcome Trust sera lancée pour utiliser prospectivement le séquençage complet de génomes d’isolats cliniques de M. tuberculosis afin d’identifier la résistance aux antituberculeux et de mieux comprendre la dynamique de la transmission de la tuberculose à Madagascar.

La visite de l’équipe d’Oxford Nanopore Technologies a aussi pu profiter à d’autres unités de recherche de l’IPM et d’autres instituts de recherche de Madagascar qui ont bénéficié de la formation sur le MinION pour le séquençage de génome complet. Ainsi, en plus de M. tuberculosis, les génomes complets de Coronavirus, de virus respiratoire syncitial (VRS) et des souches de Klebsiella pneumonie productrices de carbapénemases ont été séquencés. De plus, les génomes complets de bactéries responsables de maladies toujours endémiques à Madagascar telles que la peste et la lèpre ont aussi été séquencés lors de cette formation sur le MinION.