Les infections respiratoires aigües (IRA) dont la grippe sont des infections virales associées à une morbidité et à une mortalité importante, principalement en Asie du Sud Est et en Afrique Subsaharienne, dont Madagascar. Suite aux différentes pandémies causées par les virus grippaux, le Centre National de Référence pour la Grippe (CNRG), hébergé par l’unité de Virologie, a été invité par l’Organisation Mondiale de la Santé à participer à la mise en place d’outils de surveillance permettant de comprendre, compléter et actualiser les données sur l’épidémiologie des virus respiratoires d’intérêts en santé publique ainsi que sur les maladies associées. Ces données sont utiles aux décideurs nationaux et internationaux afin de mieux répondre à toute nouvelle épidémie mais également afin de réorienter, si besoin, les stratégies visant à réduire la morbidité et la mortalité associées à ces infections respiratoires.
Pour répondre à ces objectifs, cinq activités de surveillance ont été mises en place :
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- Surveillance de la grippe et des IRA
- Surveillance des décès associés aux IRA à Antananarivo
- Surveillance génomique du SARS-CoV-2 à Madagascar
- Surveillance hospitalière du virus respiratoire syncytial (VRS) associé aux IRA sévères chez les enfants de moins de cinq ans
- Surveillance de la grippe aviaire à Madagascar
Ces programmes de surveillance sont réalisés en collaboration avec le Ministère de la Santé Publique et le Ministère de l’Agriculture et de l’Elevage.
A. La surveillance sentinelle de la grippe et des IRA à Madagascar se base sur deux piliers principaux à savoir la surveillance des syndromes pseudo-grippaux (ILI ou Influenza-like illness) et la surveillance des infections respiratoires aigües sévères (SARI). A ce jour, 21 CSB-R et 5 hôpitaux sont impliqués dans ces activités. Les objectifs principaux de cette surveillance sont de suivre en temps réel la circulation de la grippe et des autres virus respiratoires dont le SARS-CoV-2 sur le territoire, de détecter rapidement toute apparition de nouvelles souches capables de provoquer une épidémie ou une pandémie, de mesurer la sévérité des épidémies, d’identifier les groupes à risque de sévérité d’infection, et enfin de partager les souches virales pour le développement de nouveaux vaccins.
B. La surveillance des décès associés aux IRA à Antananarivo est basée sur une convention signée en 2016 entre l’IPM et la Commune Urbaine d’Antananarivo (CUA) visant à collecter toutes les données relatives à la mortalité au sein de la commune. Le recueil des données est effectué par l’intermédiaire de la CUA par sa Direction de l’eau, de l’assainissement et de l’hygiène (DEAH), anciennement appelée Bureau Municipal d’Hygiène (BMH), en charge de la vérification des décès et de la délivrance des certificats de décès. Dans le cadre de ce partenariat, l’IPM a formé les médecins qui vérifient les décès au codage du diagnostic de décès selon la classification internationale des maladies (CIM-10) ainsi qu’au remplissage du questionnaire. La surveillance des décès permet de mettre en évidence les caractéristiques et évolutions des décès liés aux IRA dans le temps.
C. La surveillance génomique du SARS-CoV-2 à Madagascar par séquençage NGS (Next Generation Sequencing) a été mise en place par le CNRG en mars 2021. L’objectif principal est de caractériser les souches de SARS-CoV-2, d’identifier les variants circulants et de détecter au plus tôt l’introduction de nouveaux variants préoccupants dans le pays. Par ailleurs, les données génomiques virales obtenues par séquençage NGS permettent de faire des analyses comparatives au niveau national, régional et global pour mieux comprendre le virus et étudier sa dynamique de circulation.
D. La surveillance hospitalière du virus respiratoire syncytial (VRS) cible les enfants de moins de cinq ans. Elle est menée dans le cadre de la stratégie de l’OMS visant à mettre en œuvre un système mondial de surveillance et de riposte propre au VRS dont le but est de réduire la morbidité et la mortalité associées. Ce programme est réalisé à travers le système de surveillance de la grippe. Madagascar fait partie des pays pilotes du programme. Il s’agit principalement de détecter et d’établir la saisonnalité du VRS ainsi que d’identifier les symptômes cliniques et les facteurs de risque d’une infection sévère. Les données obtenues vont être utiles pour établir une stratégie vaccinale efficace au moins pour les groupes d’âge à risque.
E. La surveillance de la grippe aviaire à Madagascar a commencé en septembre 2022 suite à une étude pilote ayant démontré la présence du virus grippal aviaire faiblement pathogène, A/H9, chez les canards vivants à Antananarivo. Cette surveillance, réalisée en collaboration avec la Direction des Services Vétérinaires au sein du Ministère de l’Agriculture et de l’Élevage, a pour objectif de détecter et de suivre l’évolution de la circulation des virus grippaux aviaires, et éventuellement d’évaluer le risque d’introduction des virus hautement pathogènes potentiellement dangereux pour l’homme et l’animal. Pour cela, quatre sites de surveillance sont ciblés dont les marchés de volailles vivantes, les sites d’oiseaux sauvages et migrateurs, les fermes d’élevage et les couvoirs/importateurs de poussins.
