Clôture de la formation dédiée au séquençage et analyses bioinformatiques appliqués au virus Mpox ; un renforcement des capacités en surveillance génomique à Madagascar

L’Institut Pasteur de Madagascar (IPM), à travers son Unité de Virologie, a organisé du 20 au 29 avril 2026, une formation dédiée au séquençage et aux analyses bio-informatiques appliqués au virus Mpox.

Au total, la formation a accueilli 6 participants, dont 3 du Laboratoire d’Analyses Médicales Malagasy (LA2M), 2 du Centre d’Infectiologie Charles Mérieux (CICM) et 1 de l’ONG Pivot, aux côtés de l’équipe de l’Unité de Virologie de l’IPM, mobilisée pour l’encadrement et la mise en œuvre du programme. Cette participation illustre une mobilisation conjointe des acteurs impliqués dans la surveillance et la recherche en santé publique à Madagascar.

Structurée en deux volets complémentaires, la formation a combiné une phase de laboratoire consacrée aux techniques de séquençage – incluant la sélection des échantillons, l’amplification, la préparation des librairies et l’utilisation de logiciels spécialisés – et une phase dédiée aux analyses bio-informatiques. Cette dernière a porté sur les bases des lignes de commande, la gestion et l’interprétation des données de séquençage, la construction de séquences consensus et la génération d’arbres phylogénétiques.

L’ensemble de ces enseignements a permis aux participants d’acquérir une compréhension intégrée de la chaîne de production et d’analyse des données génomiques, depuis la génération des séquences jusqu’à leur exploitation dans une perspective de surveillance génomique.

Dans un contexte marqué par l’émergence et la circulation du virus Mpox à Madagascar, le développement de compétences en génomique virale constitue un enjeu stratégique. La surveillance génomique permet en effet de mieux caractériser les souches virales, de suivre leur évolution, de mieux comprendre les dynamiques de transmission et d’appuyer les stratégies vaccinales, contribuant ainsi à orienter les réponses en santé publique. L’implémentation de la surveillance génomique des pathogènes à potentiel épidémique et pandémique est désormais recommandée par l’OMS dans le cadre de la préparation aux épidémies et pandémies futures.

Au-delà du renforcement des capacités individuelles, cette formation a également favorisé les échanges techniques et scientifiques entre les équipes de l’IPM, du LA2M, du CICM et de l’ONG Pivot, contribuant à une meilleure coordination des acteurs impliqués dans la surveillance des maladies infectieuses. C’est une première activité entrant dans le cadre de l’accord de collaboration (MoU) récemment signé entre l’IPM, le LA2M et le CICM.

La formation s’est achevée par une remise de certificats aux participants, marquant la reconnaissance de leur engagement et des compétences acquises.

À travers cette initiative, l’IPM réaffirme son engagement à soutenir le développement des compétences nationales et à renforcer les dispositifs de surveillance des maladies infectieuses, en collaboration avec ses partenaires, en témoigne la première publication dans une revue scientifique sur l’émergence du virus Mpox à Madagascar : « Emergence of human monkeypox virus Clade Ib in Madagascar: first genomic evidence of introduction and local transmission. » https://doi.org/10.1186/s12985-026-03165-7. Cette première étude a été réalisée en collaboration avec le LA2M.

À l’issue de la formation, RAKOTOARISON Rado Lalaina, biotechnologiste au sein du LA2M a affirmé « j’ai acquis des compétences directement applicables à mon travail au LA2M, notamment en matière de bonnes pratiques de séquençage et de manipulation. J’ai également renforcé mes bases en bio-informatique. Désormais, je me sens capable de réaliser des séquençages de manière plus autonome et de télécharger des séquences afin de mettre en pratique les acquis de la formation.»

Pour l’équipe formatrice, Dr Jean Michel HERAUD, chef de l’Unité de Virologie de l’IPM revient sur l’intérêt de cette formation pour la surveillance des pathogènes d’intérêt en santé publique : « l’Unité de Virologie a pour stratégie, le renforcement des capacités de séquençage et d’analyse bio-informatique non seulement au niveau de l’IPM, mais aussi au niveau du pays. Ce type de surveillance permet de caractériser plus finement les pathogènes viraux pouvant causer des épidémies voir des pandémies. Le renforcement des compétences nationales en surveillance génomique est un atout pour Madagascar et s’intègre dans les activités de surveillance et de riposte aux épidémies. »

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