GeneXpert®: un outil particulièrement adapté à la prise en charge hospitalière des cas de COVID-19 et à la gestion et au suivi de cette épidémie dans les pays du Sud.

Dans un article publié en ligne dans la revue The Lancet Global Health, des scientifiques de l’Institut Pasteur de Madagascar (IPM) en collaboration avec le Ministère de la Santé Publique (MSP) de Madagascar et l’appui logistique de l’OMS et de l’UNICEF, ont évalué la performance du test GeneXpert® par rapport à la PCR en temps réel utilisée dans la plupart des laboratoires pour détecter le SARS-CoV2.

Placement et identification automatisée des cartouches Xpert® Xpress SARS-CoV-2 sur la plateforme GeneXpert de l’Institut Pasteur de Madagascar

A la suite d’un don de l’OMS et de l’UNICEF au Ministère de la Santé Publique d’un lot de cartouches d’un test développé par Cepheid pour le diagnostic du COVID-19 (Xpert® Xpress SARS-CoV-2), une évaluation a été demandée à l’IPM, compte tenu de son expertise à la fois dans le diagnostic virologique du SARS-CoV2 (Unité de virologie) et dans l’utilisation du GeneXpert^® pour le diagnostic de la tuberculose. Cette évaluation a été menée rapidement au cours de la survenue de l’épidémie de COVID-19 à Antananarivo.

Les résultats ont montré l’intérêt de l’utilisation de la plateforme GeneXpert^® pour la détection du SARS-CoV2 et la prise en charge rapide des patients dans le contexte d’un pays à ressources limitées comme Madagascar. Pour les auteurs, l’intérêt du GeneXpert® résulte dans les points suivants :

• Le test Xpert® Xpress SARS-CoV-2 montre une concordance parfaite de ses résultats avec la PCR. Un ajustement est cependant nécessaire et les auteurs proposent un guide d’interprétation,
• Le temps de rendu des résultats est plus court (1h environ contre 3-4h pour la PCR classique),
• L’installation du GeneXpert® demande une logistique plus légère et nécessite moins de temps de formation,
• La mise en œuvre de cette technique réduit ostensiblement les risques de contamination à la fois des échantillons et de l’opérateur.

Ainsi, par comparaison avec des systèmes de détection reconnus par l’OMS (PCR…), le GeneXpert^®, appareil utilisé dans de nombreux pays Africains dans le cadre du diagnostic de la tuberculose, semble un outil particulièrement adapté au diagnostic des cas de COVID-19 et donc à la prise en charge hospitalière des cas, à la gestion et au suivi des épidémies.

Cette étude, la première en Afrique, et aux retombées significatives de santé publique importante, montre l’importance des synergies existantes entre le Ministère de la santé publique et l’Institut Pasteur de Madagascar.

Lien vers l’article : https://doi.org/10.1016/S2214-109X(20)30428-9

Titre : GeneXpert for the diagnosis of COVID-19 in LMICs

Auteurs: Niaina RAKOTOSAMIMANANA¹, Frédérique RANDRIANIRINA¹, Rindra RANDREMANANA¹, Mamy Serge RAHERISON^1,2, Voahangy RASOLOFO¹, Gaetan Duval SOLOFOMALALA³, André SPIEGEL¹, Jean-Michel HERAUD^1,4

Affiliation : 1 : Institut Pasteur de Madagascar ; 2 : Ministère de la Santé Publique ; 3 : Ministère de la Santé Publique, Secrétaire Général ; 4 : Institut Pasteur de Dakar

Correspondence pieces represent the views of the authors and not necessarily the views of The Lancet or any Lancet specialty journal. This Correspondence was peer-reviewed.