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Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) – Activités de l’Institut Pasteur de Madagascar

Mise à jour le 2 juillet 2020

Nombre de résultats virologiques rendus (tests PCR)

Du 29 janvier au 1 juillet 2020

Situation épidémiologique dans le monde

Le 31 décembre 2019, l’Organisation mondiale de la santé (OMS) a été informée par les autorités chinoises de cas groupés de pneumonies dans la ville de Wuhan (Province de Hubei), en Chine.

Cette maladie, aujourd’hui dénommée « Coronavirus disease 2019 » (COVID-19) est due à un coronavirus qui a été identifié en Chine le 7 janvier 2020 et nommé désormais SARS-CoV-2.

Depuis, ce virus s’est largement répandu en Chine puis à travers le monde.

A la date du 1 juillet 2020, l’OMS avait recensé

  • 10 357 662 cas confirmés dans le monde,
  • dont 508 055 décès

Dans la région Afrique, on comptait 306 794 cas confirmés et 6 192 décès.

La situation épidémiologique évolue rapidement et peut être consultée sur le site de l’OMS. « Coronavirus disease 2019 (COVID-19) Situation Report »

 https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/situation-reports

A l’Institut Pasteur de Madagascar

L’Institut Pasteur de Madagascar (IPM), partenaire du Ministère de la Santé Publique (MSP), contribue à la riposte contre l’épidémie de COVID-19, notamment dans les domaines de la surveillance épidémiologique et de la confirmation biologique des cas.

Diagnostic du COVID-19

L’Unité de Virologie de l’Institut a été l’une des premières équipes en Afrique à pouvoir détecter le nouveau coronavirus (SARS-CoV-2). Ainsi, dès le 29 janvier, notamment grâce aux collègues de l’Institut Pasteur de Hong-Kong, l’IPM était en capacité de mettre en œuvre le diagnostic moléculaire par amplification génique (PCR). Ce test de diagnostic, qui permet l’identification du génome du virus, nécessite des conditions de sécurité particulières.

Le diagnostic se fait à partir d’un prélèvement respiratoire (rhinopharyngé, nasal et oropharyngé) comme pour la grippe et il faut compter environ 4h00 entre la réception du prélèvement à l’IPM et le rendu des résultats. Cette durée peut-être plus longue si un nombre important d’échantillons est adressé au laboratoire. Le diagnostic est réalisé au sein de l’Unité de Virologie par le Centre national de référence pour la Grippe et les virus respiratoires reconnu par l’OMS et le Ministère de la Santé Publique (MSP).

Pour faire face à cette activité intense (nombre de prélèvements à analyser en très forte hausse, travail 7 j /7 sur des plages horaires très larges dans la journée), l’Institut a été contraint de mobiliser différentes équipes provenant de différents services :

  • Unité d’épidémiologie et de recherche-clinique : plus de 10- 15 personnes interviennent chaque jour (gestion d’une base de données spécifique permettant le suivi des analyses et le rendu des résultats)
  • scientifiques de différentes unités venant renforcer l’Unité de Virologie
  • différents services support assurant la logistique : véhicules et chauffeurs allant chercher les techniciens et les raccompagnant le soir (mesures indispensables compte tenu de l’absence de transport collectif et/ou des mesures restreignant la mobilité des personnes)…

Recueil des données épidémiologiques

Un recueil d’information sur les personnes prélevées est effectué à partir des fiches accompagnant les prélèvements et saisie sur le logiciel REDCap®. Une extraction de la base de données est effectuée chaque jour et adressée au MSP.

Par ailleurs, les équipes de l’Institut (Dr Jean Michel HERAUD, Unité de Virologie et Dr Rindra RANDREMANANA, Unité d’Epidémiologie et de recherche clinique) participent à la validation du « Bulletin spécial sur la situation du COVID-19 à Madagascar » rédigé par le MSP.

Recherches opérationnelles

Un projet, ayant reçu l’accord du Comité d’éthique de la recherche biomédicale (CERBM) auprès du MSP, est actuellement en cours en partenariat avec nos collègues hospitaliers prenant en charge les cas de COVID-2019 : CHU Joseph Raseta Befelatanana, CHU Anosiala, CHU Andohatapenaka. Ses objectifs sont de décrire les premiers cas et d’évaluer le risque de transmission aux personnes contact.

Un second projet avec les même collaborations concerne les professionnels de santé des centres hospitaliers de référence de la prise en charge des cas de COVID-19 a été approuvé par le CERBM et débutera prochainement.

Déploiement du laboratoire mobile à Toamasina

Le laboratoire mobile a été déployé en appui au Ministère de la Santé Publique à Toamasina dans le cadre d’une mission de diagnostic virologique sur des cas du Covid-19.

Une première équipe de l’Institut Pasteur de Madagascar menée par le Dr Jean Michel HERAUD, Chef de l’unité Virologie ont quitté Antananarivo le mardi 05 mai 2020 (laboratoire mobile et trois véhicules de soutien).

Le Laboratoire mobile est un outil complémentaire pour la surveillance des maladies à potentiel épidémique comme le Covid-19. Durant la mission à Toamasina, il est mobilisé afin d’analyser dans des conditions optimales les échantillons prélevés dans le cadre du diagnostic des cas de Covid-19.

Le mardi 16 juin, une quatrième équipe a été envoyée afin de prendre le relai avec celle arrivée deux semaines plutôt. Toamasina étant devenue la région avec le plus grand nombre de cas confirmés, l’IPM continuera de mobiliser son équipe pour procéder aux analyses d’échantillons.