La technique LAMP pour un diagnostic simple et rapide des bactéries responsables d’infections urinaires

L’infection urinaire (IU) est un problème majeur de santé publique, elle est due à la multiplication de bactéries pathogènes dans les voies urinaires, notamment chez la femme. Environ la moitié des femmes sont touchées par cette maladie au cours de leur vie, un quart d’entre elles subissent une récidive dans les 6 mois qui suivent alors que seul 1 homme sur 5 est atteint¹. Dans la majorité des cas d’IU, la bactérie Escherichia coli est mise en cause. Des antibiotiques sont prescrits aux malades, cependant certaines bactéries développent une résistance au traitement due à l’acquisition de gènes de résistance. D’ailleurs, une étude² a rapporté que 84% de ces gènes de résistance seraient présents dans la bactérie Escherichia coli.

Pour que le traitement de l’IU soit efficace et effectué à temps, un dépistage rapide et fiable de la bactérie responsable de l’infection, mais aussi l’évaluation de sa résistance aux antibiotiques sont primordiaux. Une étude³ menée par l’Unité de Bactériologie Expérimentale de l’Institut Pasteur de Madagascar a évalué la performance d’une nouvelle méthode de diagnostic basée sur la LAMP (« Loop mediated isothermal amplification ») pour détecter rapidement les principales bactéries responsables d’IU et leur résistance à des antibiotiques fréquemment prescrits.

Développée par l’Unité, cette méthode permet d’identifier 4 bactéries différentes impliquées dans l’IU, ainsi que le gène de résistance le plus fréquent. La performance du test LAMP a été évaluée en comparant celui-ci à la méthode standard : la culture bactérienne. Pour cela, des urines provenant de 166 patients suspectés d’IU ont été collectées puis analysées en utilisant les 2 méthodes : la culture et la LAMP. L’étude a montré que le test LAMP est plus performant et plus fiable que la méthode de culture (sensibilité et spécificité élevées). Le délai pour obtenir les résultats de la méthode LAMP est largement plus court que celui de la méthode de culture (1h30 versus 2 à 3 jours). Ainsi, la technique LAMP, peu couteuse, rapide et simple d’utilisation, pourrait servir comme outil de diagnostic des IU permettant aussi d’orienter vers des traitements plus adaptés. De plus, elle pourrait représenter une alternative à la culture bactérienne, notamment dans des pays à ressources limitées (manque de test diagnostic dans les structures de soins de santé primaire).

¹Lien :https://www.hug.ch/sites/interhug/files/structures/medecine_de_premier_recours/documents/infos_soignants/infections_urinaires_arce.pdf

² Lien : https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27532362/

³ Lien : https://bmcinfectdis.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12879-021-06720-5