L’Institut Pasteur de Madagascar caractérise les deux premiers génomes complets de virus SARS-CoV-2 détectés à Madagascar en Mars 2020

Le 19 mars 2020, Madagascar notifiait le premier cas de COVID-19 chez une personne revenant d’Europe. Depuis cette date plus de 12 000 cas de COVID-19 ont été déclarés faisant plus de 120 décès à ce jour.

Dès le 29 janvier 2020, l’IPM était parmi les premiers pays en Afrique en capacité d’effectuer le diagnostic du COVID-19 par amplification génique du virus SARS-CoV-2. Ainsi le Centre National de Référence pour la Grippe de l’Unité de virologie déclarait aux autorités malgaches la détection du virus responsable du COVID-19 à partir d’un prélèvement effectué chez un passager en isolement et de retour d’Europe. Au 5 Août 2020, l’IPM a ainsi réalisé 22 494 tests et confirmé 4 088 nouveaux cas de COVID-19.

Dès le début de l’épidémie, l’Unité de virologie s’est attachée à réaliser le séquençage complet du génome du virus SARS-CoV-2 qui est constitué d’acide ribonucléique (ARN).

Le génome d’un virus ou séquence, contient toutes les informations nécessaires à la survie et la multiplication du virus. Il est constitué de la succession de 4 bases (Adénine, Thymidine, Guanine et Cytosine) selon un ordre particulier qui caractérise chaque virus.

Sa taille se mesure en nombre de nucléotides. Selon le virus, la taille de son génome est très variable. Dans le cas du SARS-CoV-2 responsable du Covid-19, elle se compose d’environ 30 000 nucléotides.

Le séquençage d’un génome consiste en la détermination de la séquence nucléotidique totale du virus. Ce type de séquençage permet d’obtenir des informations précises sur l’origine du virus, de suivre son évolution au cours d’une épidémie, de mieux diagnostiquer une infection et de trouver éventuellement des traitements ou des cibles thérapeutiques.

Malgré la présence d’un séquenceur de nouvelle génération (Illumina iSeq100) au sein de l’unité, les chercheurs ont été retardés dans leurs travaux du fait des difficultés d’approvisionnement en réactifs spécifiques et du retard de livraison d’un second équipement important pour mesurer la qualité du matériel génétique nécessaire au séquençage (Agillent 4150 TapeStation System).

Grâce à l’appui technique du Dr Cara Brook de l’Université de Californie Berkeley et de l’équipe du laboratoire Chan Zuckerberg Biohub, ainsi qu’au soutien de partenaires tels que la Gates Fondation (programme Grant Challenge Expérience), l’Université de Californie Berkeley et le Chan Zuckerberg Biohub, l’IPM a pu recevoir les réactifs et l’équipement nécessaires au séquençage complet de virus au mois de juillet.

Les deux premiers coronavirus SARS-CoV-2 détectés à Madagascar chez des personnes revenant de France ont pu être séquencés complètement grâce à l’important travail de l’équipe de l’unité de virologie et notamment du Dr Christian RANAIVOSON sous la supervision du Dr Jean-Michel HERAUD, chef de l’Unité de Virologie de l’IPM. L’ensemble du processus de séquençage jusqu’à la reconstruction complète du virus aura pris 5 jours ce qui est une performance compte-tenu de la nouveauté de cette technique au sein de l’unité de virologie. Ce séquençage de génome complet d’un virus était en effet le premier essai réalisé par les chercheurs de l’unité.

Les deux premières séquences complètes du SARS-CoV-2 ont été mises à la disposition de la communauté internationale par leur dépôt sur la plateforme GISAID (GISAID.org). Madagascar rejoint ainsi la liste grandissante des pays Africains ayant séquencé et partagé des séquences complètes du SARS-CoV-2 (Figure 1).

La comparaison des séquences des premiers virus détectés à Madagascar avec le virus de référence isolé à Wuhan (hCoV-19/Wuhan/WIV04/2019) ne montre aucune mutation au niveau de la protéine S (protéine Spike) impliquée dans la fixation du virus sur le récepteur cellulaire humain ACE2.