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Détection directe de poliovirus par la technique de séquençage par Nanopore (« Direct Detection by Nanopore Sequencing » DDNS)
Dans le cadre du programme de l’éradication de la poliomyélite, une formation sur la détection directe de poliovirus par la technique de séquençage par Nanopore (« Direct Detection by Nanopore Sequencing » ou DDNS) a été organisée du 24 au 28 juillet 2023 à l’Institut Pasteur de Madagascar (IPM) en collaboration avec l’équipe de l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS). L’OMS a choisi le Laboratoire National de Référence (LNR) pour la poliomyélite, hébergé par l’Unité de Virologie de l’IPM, pour accueillir cette formation.
La méthode de détection directe du poliovirus par séquençage est une méthode indépendante de la culture cellulaire. Elle est sûre, rapide, robuste et a une sensibilité qui peut atteindre ou dépasser la sensibilité de l’isolement viral. Elle est facile à mettre en œuvre sans qu’il soit nécessaire d’acquérir un équipement coûteux. La DDNS réduit le délai d’obtention d’un résultat confirmé d’au moins 14 jours, ce qui pourrait accélérer la réponse à l’épidémie de poliovirus. Contrairement à la méthode classique utilisant le séquençage Sanger, la technique de séquençage par Nanopore permet d’identifier et de séquencer des échantillons contenant plusieurs poliovirus ou autres entérovirus (mélanges viraux).
Le LNR pour la poliomyélite à l’IPM, est un Centre de Référence OMS Inter-Pays. Il assure le diagnostic d’infection par les poliovirus (PV) des cas des paralysies flasques aiguës (PFA) notifiés à l’île Maurice et à Madagascar. Dans le cadre des objectifs de l’OMS pour l’éradication des poliovirus sauvages (PVS), une surveillance des paralysies flasques aiguës (PFA) et une surveillance environnementale (SE) des souches de PV ont été mises en place dans les laboratoires accrédités par l’OMS.
Par ailleurs, pour renforcer les données épidémiologiques de surveillance, le LNR pour la poliomyélite à l’IPM réalise également la surveillance environnementale depuis 2015.
La poliomyélite est une maladie virale contagieuse qui cause une paralysie irréversible en quelques heures. Elle est potentiellement mortelle si l’infection atteint les muscles cardiaques ou le système respiratoire. Les poliovirus (PV) sont les agents responsables de cette maladie paralytique.
Les sessions de formations, théoriques et pratiques, ont été dispensées par des chercheurs provenant de différents instituts internationaux tels que : National Institute for Biological Standards and Control (NIBSC), University of Edinburgh, Imperial College London en Angleterre et l’Institut National de la Recherche Biomédicale (INRB) en République Démocratique du Congo.
Huit personnels techniques des laboratoires des Instituts Pasteur (IP) d’Algérie, de la République Centrafricaine (IP de Bangui), et de Madagascar ont été sélectionnés pour participer à cette formation.
Cette formation axée sur la détection directe de poliovirus par la technique de séquençage par Nanopore a permis aux participants d’acquérir les compétences théoriques mais surtout pratiques pour la maitrise de cette technique.
Suite à cette formation, une partie de l’équipe d’experts est restée pour s’assurer de la bonne mise en place de la technique par l’équipe de l’Unité de Virologie.
« Le diagnostic sensible de la poliomyélite commence à être urgent, c’est pourquoi nous avons mis en place un test de détection directe dans nos laboratoires de référence. D’ailleurs, c’est important que l’Institut soit parmi les premiers centres à bénéficier de ce programme à cause des cas de poliomyélite à poliovirus circulant d’origine vaccinale de type 1 (cVDPV1) détectés dans le pays », affirme Dr KFUTWAH Anfumbom Kitu Womeyi, coordonnateur du réseau régional des laboratoires de la poliomyélite au Bureau de l’OMS pour l’Afrique.
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