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Infection par le nouveau Coronavirus (SARS-CoV-2)
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Capacité de diagnostic de l’Institut Pasteur de Madagascar
22 avril 2020
Situation épidémiologique dans le monde
Le 31 décembre 2019, l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS) a été informée par les autorités chinoises de cas groupés de pneumonies dans la ville de Wuhan (Province de Hubei), en Chine.
Cette maladie, aujourd’hui dénommée « Coronavirus disease 2019 » (COVID-19) est due à un coronavirus qui a été identifié en Chine le 7 janvier 2020 et nommé désormais SARS-CoV2.
Depuis, ce virus s’est largement répandu en Chine puis à travers le monde.
Le 22 avril 2020, l’OMS recensait 2 471 136 cas confirmés répartis dans 213 pays.
La situation épidémiologique évolue rapidement et peut être consultée sur le site OMS. « Coronavirus disease 2019 (COVID-19) Situation Report » https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/situation-reports
Situation épidémiologique à Madagascar
A la date du 20 avril 2020, 121 cas confirmés étaient recensés à Madagascar.
Par ailleurs, 52 personnes sont guéries du Covid-19.
Numéros verts
Pour lutter contre la propagation du Coronavirus, le Ministère de la Santé Publique a mis en place des numéros verts :
- le 910 réservé aux informations sur le virus (symptômes et préventions)
- le 913 pour les cas suspects
A l’Institut Pasteur de Madagascar
Les équipes de l’Institut Pasteur de Madagascar (IPM) appuient celles du Ministère de la Santé Publique (MSP) pour la préparation à la riposte contre les infections, notamment dans les domaines de la surveillance épidémiologique et de la prise en charge des cas.
L’Unité de Virologie de l’Institut a été l’une des premières équipes en Afrique à pouvoir détecter le nouveau coronavirus (SARS-CoV-2). Ainsi, dès le 29 janvier, notamment grâce aux collègues de l’Institut Pasteur de Hong-Kong, l’IPM était en capacité de mettre en œuvre le diagnostic moléculaire par amplification génique (PCR) du virus. Ce test de diagnostic, qui permet l’identification du génome du virus, nécessite des conditions de sécurité particulières. L’IPM utilise à ce jour son laboratoire de sécurité biologique de niveau 3.
Manipulation au niveau du laboratoire de sécurité biologique de niveau 3 
Amplification des trois gènes (E, RdRp et N) 
Etape d’inactivation du prélèvement suspect de Covid-19 dans un local et équipement hautement sécurisé
Le diagnostic se fait à partir d’un prélèvement respiratoire (rhinopharyngé, nasal et oropharyngé) comme pour la grippe et il faut compter environ 4h00 entre la réception du prélèvement à l’IPM et le rendu des résultats.
Le diagnostic est réalisé au sein de l’Unité de virologie par le Centre National de Référence pour la Grippe et les virus respiratoires reconnu par l’OMS et le Ministère de la Santé Publique (MSP).
Il est important de noter qu’il ne s’agit pas d’un diagnostic réalisé par notre laboratoire d’analyses médicales (Centre de biologie clinique). Il n’est en effet pas accessible à la « patientèle de ville » mais uniquement dans le cadre des procédures mises en place par le MSP.
Depuis le 29 janvier, le diagnostic biologique a été réalisé chez plusieurs patients suspects d’être infectés par le SARS-CoV-2.
