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Les valeurs du cycle seuil de la RT-PCR reflètent la dynamique épidémique de la COVID-19 à Madagascar
L’épidémie de COVID-19 s’est manifestée à travers le monde par la survenue de différentes vagues caractérisées par des pics de contamination. L’estimation de la trajectoire de l’épidémie dans une région ou un pays donné et de ses pics d’incidence grâce aux données épidémiologiques est cruciale pour mettre en place une politique adéquate de santé publique. Ces données sont basées principalement sur le nombre de cas positifs diagnostiqués. Cependant ces données peuvent être biaisées pour différentes raisons.
Le diagnostic de confirmation de la COVID-19 s’effectue par amplification du matériel génétique du virus présent dans un prélèvement nasopharyngé par la technique RT-PCR (« Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction »). Au cours d’une RT-PCR, un nombre de cycle seuil (appelé « Cycle threshold » ou « Ct ») est défini. La valeur de ce cycle seuil (Ct) correspond au nombre de cycles nécessaires permettant la détection et la quantification du virus. Plus la charge virale est importante dans un prélèvement plus la valeur de Ct observée est faible. Le Ct est donc une valeur semi-quantitative qui permet d’estimer la quantité de matériel génétique viral présent dans l’échantillon.
Une étude1 menée par l’unité de Virologie, l’unité d’Epidémiologie et de recherche clinique de l’Institut Pasteur de Madagascar, et le département d’Ecologie et d’Evolution de l’Université de Chicago a étudié la relation entre les valeurs de Ct observées et la dynamique de l’épidémie de COVID-19 à Madagascar. Les données de surveillance biologique issue de la première vague épidémique ont pu être exploitées afin de décrire la dynamique du COVID-19 à Madagascar. Ainsi, en appliquant différents modèles mathématiques aux valeurs de Ct obtenues par RT-PCR, les auteurs ont pu démontrer qu’un pic d’infections à charge virale élevée – donc à faible valeur de Ct – coïncidait temporellement avec les taux de croissance épidémique observés en temps réel à partir de données épidémiologiques nationales disponibles au niveau du Ministère de la Santé Publique. Les auteurs ont également pu démontrer un effet statistiquement significatif de la durée de l’infection sur la valeur du Ct, ce qui suggère que le Ct peut être utilisé comme biomarqueur du stade auquel un individu a été prélevé au cours de son infection. Par extension, la distribution des Ct au niveau de la population à un moment donné peut être utilisée pour estimer la dynamique de l’épidémie dans la population.
Cette étude suggère que la notification des valeurs de Ct pourrait apporter une information importante à un système de surveillance, permettant de prévoir ou d’anticiper des pics d’incidence dans des zones où la notification des cas reste limitée.
1Lien : https://doi.org/10.1016/j.epidem.2021.100533.